Situado num continente fictício remanescente da década de 1930, Valkyria Chronicles retrata a Europa, dividida e governada por duas super potências: O Império e a Federação. O Império focou suas forças em invadir o principado Gallia, que compartilha suas fronteiras com as duas superpotências, em uma tentativa de garantir um recurso natural de valor inestimável, Ragnite. Dentro desta luta, um herói chamado Welkin e seus companheiros soldados do sétimo pelotão da milícia de Gallian, estão lutando contra a invasão e as tentativas do Império para unificar o continente sob seu poder. Durante a guerra que se seguiu, a equipe 7 descobre que o Império possui uma arma secreta, conhecida como a 'Valkyrur', uma antiga raça com poderes especiais que se pensava existir apenas em lendas.